Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN4AP35499 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN4AP35499 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN4AP35499 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC29.64■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC29.64■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SCN4AP35499 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC29.51■■■□□ 2.32
SCN4AP35499 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SCN4AP35499 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.6 ms