Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VCANP13611 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VCANP13611 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VCANP13611 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VCANP13611 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VCANP13611 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VCANP13611 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VCANP13611 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VCANP13611 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
VCANP13611 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VCANP13611 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VCANP13611 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VCANP13611 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VCANP13611 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VCANP13611 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VCANP13611 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VCANP13611 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VCANP13611 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VCANP13611 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VCANP13611 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VCANP13611 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VCANP13611 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VCANP13611 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VCANP13611 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VCANP13611 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VCANP13611 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VCANP13611 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VCANP13611 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
VCANP13611 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
VCANP13611 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VCANP13611 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
VCANP13611 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
VCANP13611 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VCANP13611 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VCANP13611 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VCANP13611 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VCANP13611 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VCANP13611 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VCANP13611 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VCANP13611 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
VCANP13611 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VCANP13611 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VCANP13611 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VCANP13611 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VCANP13611 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VCANP13611 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VCANP13611 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VCANP13611 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VCANP13611 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VCANP13611 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
VCANP13611 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VCANP13611 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VCANP13611 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VCANP13611 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VCANP13611 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VCANP13611 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VCANP13611 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VCANP13611 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VCANP13611 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VCANP13611 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VCANP13611 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms