Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
HOXD4P09016 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms