Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms