Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms