Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms