Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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SCN9AQ15858 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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SCN9AQ15858 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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SCN9AQ15858 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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SCN9AQ15858 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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SCN9AQ15858 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
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SCN9AQ15858 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN9AQ15858 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
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