Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USP39Q53GS9 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms