Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VSX1Q9NZR4 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms