Protein–RNA interactions for Protein: Q13472

TOP3A, DNA topoisomerase 3-alpha, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TOP3AQ13472 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TOP3AQ13472 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TOP3AQ13472 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms