Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms