Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TCOF1Q13428 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TCOF1Q13428 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
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