Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms