Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
MSX1P28360 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms