Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC32.27■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.76
TRIM35Q9UPQ4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC32.25■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
TRIM35Q9UPQ4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC32.19■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC32.16■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
TRIM35Q9UPQ4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
TRIM35Q9UPQ4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
TRIM35Q9UPQ4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 131.9 ms