Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS54Q9P1Q0 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS54Q9P1Q0 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
VPS54Q9P1Q0 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms