Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN3AQ9NY46 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3AQ9NY46 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN3AQ9NY46 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms