Protein–RNA interactions for Protein: Q9C0C7

AMBRA1, Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
AMBRA1Q9C0C7 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
AMBRA1Q9C0C7 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
AMBRA1Q9C0C7 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
AMBRA1Q9C0C7 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms