Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC32.51■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC32.46■■■□□ 2.79
SHANK3Q9BYB0 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC32.45■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC32.45■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC32.42■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC32.39■■■□□ 2.78
SHANK3Q9BYB0 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.36■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.36■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC32.34■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC32.33■■■□□ 2.77
SHANK3Q9BYB0 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC32.31■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC32.31■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC32.27■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms