Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF540Q8NDQ6 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF540Q8NDQ6 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.7 ms