Protein–RNA interactions for Protein: Q33E94

RFX4, Transcription factor RFX4, humanhuman

Predictions only

Length 735 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX4Q33E94 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
RFX4Q33E94 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
RFX4Q33E94 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX4Q33E94 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX4Q33E94 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX4Q33E94 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX4Q33E94 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms