Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXA4Q00056 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
HOXA4Q00056 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA4Q00056 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms