Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC43.48■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC43.48■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.47■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC43.47■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC43.47■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC43.46■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.46■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.46■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC43.46■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.46■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.46■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC43.45■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.45■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.45■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC43.45■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.44■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC43.44■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC43.44■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.43■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC43.43■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC43.42■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC43.42■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC43.42■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC43.42■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.42■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.41■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC43.41■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC43.41■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC43.41■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.4■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.4■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.4■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC43.39■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC43.38■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.38■■■■■ 4.54
CCDC88BA6NC98 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.38■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.37■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC43.37■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC43.37■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC43.36■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.35■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC43.35■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC43.35■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC43.35■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC43.34■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC43.33■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.33■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC43.33■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.33■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC43.33■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC43.33■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.33■■■■■ 4.53
CCDC88BA6NC98 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC43.32■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.3■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC43.3■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC43.29■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC43.29■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC43.29■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC43.29■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC43.29■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC43.28■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.27■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC43.26■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.26■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.26■■■■■ 4.52
CCDC88BA6NC98 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC43.25■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.25■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC43.25■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC43.25■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.24■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC43.24■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC43.24■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC43.24■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.23■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC43.23■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.23■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.23■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC43.23■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.23■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC43.22■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC43.21■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC43.21■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC43.21■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC43.21■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.21■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC43.21■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC43.2■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC43.2■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
CCDC88BA6NC98 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.19■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.18■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC43.18■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC43.18■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC43.18■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC43.17■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms