Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms