Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA1P49639 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
HOXA1P49639 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms