Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 113.1 ms