Protein–RNA interactions for Protein: P62857

RPS28, 40S ribosomal protein S28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 69 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPS28P62857 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ATCAY-201ENST00000450849 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 RLIM-202ENST00000349225 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 NWD2-201ENST00000309447 8325 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 C5orf56-206ENST00000612967 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 FASN-201ENST00000306749 8565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ADAR-202ENST00000368474 6625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.36□□□□□ -0.75
RPS28P62857 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 USP40-208ENST00000450966 5616 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 DNAJC27-201ENST00000264711 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 STX16-NPEPL1-202ENST00000530122 3433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ADCY7-208ENST00000566433 2535 ntTSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 RSPH6A-203ENST00000600188 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 C19orf57-204ENST00000586783 2454 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 RFX2-222ENST00000592546 2578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 KCNIP3-201ENST00000295225 2940 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 CYB561-202ENST00000392975 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 POLM-202ENST00000335195 2444 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 MPP6-202ENST00000396475 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SLC34A2-203ENST00000504570 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 IFNAR2-202ENST00000342136 2899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 ATP2C2-AS1-201ENST00000565700 2998 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PCDHA2-202ENST00000520672 3056 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.75
RPS28P62857 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SIPA1L3-201ENST00000222345 7987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 SEPT6-201ENST00000343984 2693 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.75
RPS28P62857 NPFFR1-201ENST00000277942 8921 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms