Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA1Q96BD8 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA1Q96BD8 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms