Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 CICP4-201ENST00000447359 2812 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 PKN1-202ENST00000342216 2960 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28AQ8IWP9 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 LINC01250-201ENST00000457478 2344 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC28AQ8IWP9 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.6 ms