Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
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