Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms