Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIG1P18858 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIG1P18858 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIG1P18858 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIG1P18858 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIG1P18858 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIG1P18858 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms