Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms