Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms