Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SDC1P18827 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SDC1P18827 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SDC1P18827 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC17.21■□□□□ 0.34
SDC1P18827 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SDC1P18827 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SDC1P18827 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms