Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 DLGAP4-212ENST00000482872 839 ntTSL 514.11□□□□□ -0.159e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-209ENST00000479220 577 ntTSL 313.7□□□□□ -0.229e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 SLC39A11-216ENST00000583715 589 ntTSL 513.39□□□□□ -0.271e-8■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-203ENST00000373907 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-215ENST00000495241 794 ntTSL 212.21□□□□□ -0.459e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 CCDC88A-214ENST00000621814 3089 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.311e-6■■■■■ 127.7
SF3B1O75533 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.144e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-205ENST00000526975 567 ntTSL 320.67■□□□□ 0.94e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.864e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-215ENST00000534784 737 ntTSL 320.02■□□□□ 0.84e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-210ENST00000530945 1509 ntTSL 217.75■□□□□ 0.434e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.434e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.44e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.094e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-213ENST00000532134 855 ntTSL 514.25□□□□□ -0.134e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CFL1-207ENST00000527752 766 ntTSL 512.88□□□□□ -0.354e-9■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.713e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.593e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CAMKK2-215ENST00000544485 543 ntTSL 424.52■■□□□ 1.525e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.455e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CRTC2-201ENST00000303569 2290 ntTSL 522.86■■□□□ 1.253e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.143e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CAMKK2-214ENST00000543477 563 ntTSL 421.4■■□□□ 1.025e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.995e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.855e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.465e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.455e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.363e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.255e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.015e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.025e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CRTC2-207ENST00000487235 2263 ntTSL 214.65□□□□□ -0.063e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DDX31-202ENST00000372153 3285 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.145e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DDX31-204ENST00000372159 4577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.165e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 ZDHHC4-202ENST00000396706 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 ZC3H7B-202ENST00000486331 5262 ntTSL 213.34□□□□□ -0.275e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 WIPF3-201ENST00000242140 4184 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 ATP6V1A-203ENST00000462855 509 ntTSL 413.03□□□□□ -0.325e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 CRTC2-204ENST00000461638 2343 ntTSL 1 (best)12.25□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 ATP6V1A-205ENST00000475322 754 ntTSL 312.16□□□□□ -0.465e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 AC241952.1-201ENST00000612480 6897 ntBASIC11.93□□□□□ -0.55e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DDX31-205ENST00000438527 2814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.615e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 ATP6V1A-206ENST00000496747 710 ntTSL 510.68□□□□□ -0.75e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 YWHAG-201ENST00000307630 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.41□□□□□ -0.745e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 SLC25A21-202ENST00000546428 620 ntTSL 310.4□□□□□ -0.745e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 BBS7-201ENST00000264499 3752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.855e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 IGSF1-205ENST00000370904 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.21□□□□□ -0.933e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 RTTN-216ENST00000640376 3307 ntTSL 59.21□□□□□ -0.945e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 WIPF3-203ENST00000409290 4002 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC8.96□□□□□ -0.975e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 MACF1-224ENST00000496804 5065 ntTSL 58.96□□□□□ -0.985e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 RTTN-222ENST00000640769 8088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.92□□□□□ -0.985e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 COQ3-202ENST00000369240 646 ntTSL 5 BASIC8.59□□□□□ -1.035e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 RTTN-211ENST00000638251 4801 ntTSL 57.24□□□□□ -1.255e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 RTTN-209ENST00000583043 6278 ntTSL 1 (best)6.05□□□□□ -1.445e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-229ENST00000637208 8283 ntTSL 55.36□□□□□ -1.555e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-211ENST00000634264 6303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.665e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-219ENST00000635253 6423 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.46□□□□□ -1.75e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-218ENST00000635123 6297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.4□□□□□ -1.715e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 RTTN-206ENST00000581161 6722 ntTSL 1 (best)4.35□□□□□ -1.715e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-201ENST00000251157 7084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.27□□□□□ -1.735e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 PLCL1-203ENST00000437704 5979 ntTSL 1 (best) BASIC4.13□□□□□ -1.755e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-202ENST00000340370 6731 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC4.06□□□□□ -1.765e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 RTTN-201ENST00000255674 6960 ntTSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.775e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 DOCK7-204ENST00000454575 6985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.58□□□□□ -1.845e-6■■■■■ 127.6
SF3B1O75533 MYO18B-207ENST00000539302 7774 ntTSL 1 (best)12.16□□□□□ -0.463e-6■■■■■ 127.5
SF3B1O75533 HGS-214ENST00000576087 548 ntTSL 417.04■□□□□ 0.322e-10■■■■■ 127.5
SF3B1O75533 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.111e-6■■■■■ 127.5
SF3B1O75533 AGO2-202ENST00000517293 422 ntTSL 37.27□□□□□ -1.241e-7■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.454e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.334e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.334e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.034e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 SMARCA4-204ENST00000444061 4938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.034e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.044e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 STIM1-202ENST00000524822 415 ntTSL 55.66□□□□□ -1.54e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.033e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.773e-6■■■■■ 127.4
SF3B1O75533 INPP5B-205ENST00000373027 3905 ntTSL 2 BASIC8.95□□□□□ -0.981e-6■■■■■ 127.3
SF3B1O75533 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 127.3
SF3B1O75533 CAPN2-202ENST00000433674 3264 ntTSL 2 BASIC10.31□□□□□ -0.762e-6■■■■■ 127.3
SF3B1O75533 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.444e-6■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 PTPRS-206ENST00000588552 5443 ntTSL 1 (best)15.94■□□□□ 0.142e-6■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 PTPRS-204ENST00000587303 6353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 PTPRS-201ENST00000262963 4766 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 PTPRS-210ENST00000592099 4766 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 PTPRS-202ENST00000353284 4518 ntTSL 5 BASIC12□□□□□ -0.492e-6■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.322e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.072e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.672e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 ASPSCR1-212ENST00000582019 1035 ntTSL 524.05■■□□□ 1.442e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.372e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.32e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.242e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.132e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.052e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.982e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.942e-7■■■■■ 127.2
SF3B1O75533 RHOC-210ENST00000425265 866 ntTSL 320.9■□□□□ 0.942e-7■■■■■ 127.2
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1292 ms