Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC87Q9NVE4 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms