Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms