Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
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CHD3Q12873 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
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CHD3Q12873 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
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CHD3Q12873 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CHD3Q12873 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
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CHD3Q12873 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
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CHD3Q12873 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
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CHD3Q12873 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
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CHD3Q12873 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
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