Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LIM2P55344 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIM2P55344 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIM2P55344 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIM2P55344 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIM2P55344 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIM2P55344 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms