Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS4AQ9UN37 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS4AQ9UN37 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4AQ9UN37 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10 ms