Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC31.7■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.65■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC31.64■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC31.64■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CHMP4AQ9BY43 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC31.54■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC31.54■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4AQ9BY43 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms