Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC19.39■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
RPUSD4Q96CM3 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
RPUSD4Q96CM3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms