Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC112Q8NEF3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC112Q8NEF3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC112Q8NEF3 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC112Q8NEF3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms