Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF540Q8NDQ6 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF540Q8NDQ6 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF540Q8NDQ6 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms