Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC4P31431 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC4P31431 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC4P31431 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC4P31431 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC4P31431 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC4P31431 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SDC4P31431 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
SDC4P31431 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SDC4P31431 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SDC4P31431 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SDC4P31431 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SDC4P31431 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SDC4P31431 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SDC4P31431 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SDC4P31431 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SDC4P31431 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SDC4P31431 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SDC4P31431 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SDC4P31431 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SDC4P31431 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SDC4P31431 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SDC4P31431 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SDC4P31431 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SDC4P31431 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SDC4P31431 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.73
SDC4P31431 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SDC4P31431 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SDC4P31431 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC4P31431 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SDC4P31431 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
SDC4P31431 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SDC4P31431 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SDC4P31431 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SDC4P31431 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SDC4P31431 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SDC4P31431 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SDC4P31431 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SDC4P31431 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SDC4P31431 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SDC4P31431 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SDC4P31431 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC4P31431 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC4P31431 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC4P31431 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC4P31431 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
SDC4P31431 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SDC4P31431 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
SDC4P31431 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SDC4P31431 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SDC4P31431 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SDC4P31431 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SDC4P31431 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SDC4P31431 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SDC4P31431 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SDC4P31431 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SDC4P31431 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SDC4P31431 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SDC4P31431 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SDC4P31431 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SDC4P31431 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SDC4P31431 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SDC4P31431 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SDC4P31431 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SDC4P31431 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SDC4P31431 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SDC4P31431 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SDC4P31431 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SDC4P31431 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SDC4P31431 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SDC4P31431 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
SDC4P31431 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC4P31431 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC4P31431 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC4P31431 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC4P31431 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC4P31431 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SDC4P31431 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SDC4P31431 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SDC4P31431 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SDC4P31431 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms