Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL9A1P20849 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
COL9A1P20849 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL9A1P20849 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms