Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC4P09017 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC4P09017 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC4P09017 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC4P09017 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC4P09017 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC4P09017 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC4P09017 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC4P09017 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC4P09017 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC4P09017 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms