Protein–RNA interactions for Protein: P02458

COL2A1, Collagen alpha-1(II) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL2A1P02458 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL2A1P02458 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL2A1P02458 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL2A1P02458 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL2A1P02458 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
COL2A1P02458 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms