Protein–RNA interactions for Protein: O95983

MBD3, Methyl-CpG-binding domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MBD3O95983 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MBD3O95983 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
MBD3O95983 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MBD3O95983 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
MBD3O95983 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
MBD3O95983 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MBD3O95983 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MBD3O95983 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MBD3O95983 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MBD3O95983 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MBD3O95983 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MBD3O95983 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MBD3O95983 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MBD3O95983 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MBD3O95983 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MBD3O95983 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MBD3O95983 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MBD3O95983 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
MBD3O95983 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MBD3O95983 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
MBD3O95983 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
MBD3O95983 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
MBD3O95983 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MBD3O95983 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MBD3O95983 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
MBD3O95983 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MBD3O95983 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
MBD3O95983 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MBD3O95983 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
MBD3O95983 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
MBD3O95983 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
MBD3O95983 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
MBD3O95983 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
MBD3O95983 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
MBD3O95983 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
MBD3O95983 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
MBD3O95983 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
MBD3O95983 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
MBD3O95983 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
MBD3O95983 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
MBD3O95983 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
MBD3O95983 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
MBD3O95983 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
MBD3O95983 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
MBD3O95983 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
MBD3O95983 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
MBD3O95983 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MBD3O95983 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
MBD3O95983 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD3O95983 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD3O95983 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD3O95983 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD3O95983 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD3O95983 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD3O95983 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD3O95983 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD3O95983 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
MBD3O95983 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
MBD3O95983 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
MBD3O95983 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD3O95983 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD3O95983 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD3O95983 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD3O95983 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD3O95983 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD3O95983 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD3O95983 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD3O95983 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD3O95983 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD3O95983 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD3O95983 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD3O95983 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD3O95983 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD3O95983 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD3O95983 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD3O95983 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD3O95983 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
MBD3O95983 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 235.6 ms